Zlokalizowane jest w historycznym budynku Rogatki Mogilskiej na przedpolu Bastionu V Twierdzy Kraków. Budynek od czasu swojego powstania pełnił funkcję poboru opłat celnych od producentów i kupców pragnących handlować w Królewskim Mieście Krakowie.
Budynek Rogatki Mogilskiej był wielokrotnie zrekonstruowany, ostatni raz w roku 2008.
W roku 1847 (rok po wcieleniu Krakowa do Austrii) Kraków włączono do austriackiego systemu celnego. Ustanowiono powszechny podatek konsumpcyjny od sprowadzanych do miasta towarów,
Który pobierano na rogatkach miejskich. Spowodowało to podniesienie cen artykułów pierwszej potrzeby względem krakowskich przedmieść, co miało ograniczyć migrację ludności niezamożnej, głównie wiejskiego proletariatu, do miasta (Kraków miał status twierdzy). Kraków stał się miastem zamkniętym, a dla ograniczenia przemytu otoczony został linią akcyzową opartą m.in. na dawnych Okopach Kościuszkowskich. Wzdłuż tej linii wyznaczono 7 rogatek głównych:
Oraz 6 mniej ważnych (grzegórzecka, rakowicka, krowoderska, czarnowiejska, wolska, rybacka).